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報道によると、事件の経過は以下のようになっている。
当時1年だった生徒は2016年3月、「2015年秋に、同学年の女子生徒の胸を触った」と決めつけられ、担任教諭ら3人から呼び出され、胸を触ったと認めるように迫られた。
生徒は否定したが、教師らは「女子生徒の親がお前を刺しに来るかもしれない」などと脅すなどし、約80分にわたって自白を迫った。
生徒は教師から脅された恐怖感で嘘の自白をさせられたが、帰宅後に両親に無実を訴え、過呼吸で倒れて救急搬送された。生徒はこの事件を機に学校に通えなくなり、別の中学校への転校を余儀なくされたと訴えた。
生徒は2019年3月12日付で提訴し、同年6月18日に第1回口頭弁論がおこなわれた。熊本市は請求棄却を求めて争う姿勢を示した。
生徒側が訴えている内容は、深刻な人権侵害だといえる。「生徒指導」と称しておこなうようなことではない。